“发现自我”是马祖教人的目标，也是整个禅的主旨。这点我们可以从马祖和他的另一位高足大珠慧海的故事中看出。
当大珠第一次见马祖时，马祖问他：“你从哪里来？”
大珠回答：“从越州大云寺来。”
马祖又问：“来这里做什么？”
大珠回答：“来求佛法。”
马祖便说：“我这里一点东西都没有，还有什么佛法可求，你自己有宝藏不顾，离家乱走做什么？”
大珠便问：“什么是我的宝藏呢？”
马祖又说：“现在问我的，就是你自己的宝藏，这个宝藏一切具足，没有欠缺，运用起来非常自在，何必要向外追求。”
听了这话后，大珠不用思考和推理，便立刻洞见自性。
另外，汾州无业也是以同样的方法悟道的。无业本来专研律宗，深通经藏。在他第一次见马祖时，马祖看到他那伟岸的身材，响亮的音调，便说：“外形巍巍堂堂，里面却没有佛。”
无业很恭敬地跪下来说：“我粗研三乘之学，稍有心得，可是对于禅宗的即心是佛之说却始终不能了解。”
马祖说：“这个不能了解的心就是佛，并没有其他的了。”
无业仍然未悟而问：“这样说来，那什么是祖师西来所传的秘密法印呢？”
马祖又说：“你这位大德现在正糊涂得很，且先回去，等下再来。”
无业正要离开时，马祖便在他背后喊着：“大德。”
无业转过头来，马祖便问：“是什么？”
听了这问话，无业便立刻大悟。
脚踢令开悟
有时马祖也用粗暴的方法来加速学生发现自我，有一次，水潦和尚问他说：“如何是祖师西来意？”（在禅宗的问答里，问祖师西来意，就等于问佛法大要。）
马祖并没有回答这问题，而要水潦恭敬地礼拜，等水潦弯下身子时，马祖却把他踢倒，奇怪的是，水潦却因此而大悟，站起来后，反而拍手呵呵大笑地唱着说：
“也大奇，也大奇，百千三昧，无量妙义，只向一毛头上，一时识得根源去。”
唱完向马祖行礼而退，后来他作了方丈，常对学生说：“自从一吃马祖蹋，直至如今笑不休。”
棒喝令开悟
从书中记载，我们可以想见马祖一定是身体伟岸，精力充沛，据说他是牛步虎视，舌头长得可以舐到鼻尖。虽然书中没有说他叫起来像狮吼，但他的声音一定很大，这可以从百丈最后开悟的故事中看出。当百丈随侍马祖的时候，马祖正看着床角所挂的一个拂尘，百丈便说：“正在用时，要离开用。”
于是便拿开拂尘，把它竖起来。马祖便说：“正在用时，要离开用。”
于是百丈又把拂尘挂回原处。马祖便振威大喝一声，震得百丈的耳朵聋了三日，也就由这一喝，百丈完全开悟了。
我们可别误会马祖是常用嘴“喝”和脚“蹋”的。虽然禅师的教法都不能缺少那种使人震惊的元素，但他的教法多半表现得很温文，很巧妙。例如有位大官问他是否可以饮酒吃肉，他便幽默地说：
“饮酒吃肉是你的禄分，不饮酒吃肉是你的福气。”
马祖运用这种方便法门的巧妙之处，可以从他和石巩慧藏的谈话中看出。石巩本以打猎为生，最讨厌见到和尚。有一次当他赶鹿经过马祖的庵前时，马祖迎面和他相碰，石巩问马祖是否看到有鹿跑过，马祖反问：“你是什么人？”
石巩回答：“打猎的人。”
马祖又问：“你知道如何射吧？”
“当然知道。”
“你一箭能射几个？”
“我一箭能射一个。”
马祖便说：
“照这样看来，你实在不懂得射术。”
“那么你懂得射术吗？”
“我懂得。”
“你一箭能射几个？”
“我一箭能射一群。”
石巩便说：“彼此都是生命，你又何忍射杀一群？”
马祖乃说：“你既然知道这点，为什么不射自己呢？”
石巩回答：“你要我自射，但总是没有下手处。”
马祖便说：“你这人有无数劫的无明烦恼，到今天都完全断绝了。”
于是石巩便抛掉弓箭，出家拜马祖为师。
有一次，石巩在厨房里工作，马祖问他作什么，他说：“正在牧牛。”
马祖问：“怎样牧牛？”
石巩回答：“当它走到草地，我立刻便把它拉了回来。”
这话赢得了马祖的赞叹说：“你是真懂牧牛之道了。”
由他们这种愉快和谐的谈话，很难想象到他们对个性的控制和训练是如何的无情和猛烈。
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